養殖廢水中含有大量污染物，重金屬、殘留的獸藥和大量的病原體等，規模化的養殖廠每天排放的廢水量大且集中，因此如不經過處理就排放于環境或直接農用，將會造成生態環境和農田的嚴重污染。
（1）對水體的污染
養殖業廢水富含大量病原體的高濃度有機廢水，直接排放進入水體或受雨水沖洗進入水體，會造成造成地表水或地下水水質的惡化。由于畜禽糞尿的淋溶性很強，其中含有的氮、磷及水溶性有機物等淋溶量很大，如不妥善處理，就會通過地表徑流進入地下水層污染地下水。對地表水的影響則主要表現為，大量有機物質進入水體后，有機物的分解消耗水中的溶解氧，導致水體發臭；水體中的溶解氧下降，有機物繼續分解，分解中將產生有毒氣體，導致水生生物大量死亡；廢水中的懸浮物可使水體渾濁，降低水中藻類的光合作用，限制水生生物的正常活動，使水生生物逐漸死亡，從而進一步加劇水體底部缺氧，使水體同化能力降低；氮、磷可使水體富營養化，硝酸鹽和亞硝酸鹽濃度過高，人畜若長期飲用會引起中毒，有毒藻類排放大量毒素，導致水生動物的大量死亡，從而嚴重地破壞了水體生態平衡；糞尿中的一些病菌、病毒等隨水流動可能導致某些流行病的傳播。
（2）對農作物的影響
畜禽養殖廢水中含有氮、磷、鉀，如果能做到合理施用可以提高土壤肥力，促進農作物生長，但是未經處理就直接施用，則會影響后續作物生產，隨著有機物的不斷累積，為一些生物、細菌、真菌提供了生存的環境，但也導致了病蟲害的發生，大量有機物的積累會使土壤呈強還原性，不僅會影響作物的根系生長，而且使土壤中有害物質得到釋放，大量無機鹽在土壤的積聚引起作物的鹽害。
（3）礦物元素和重金屬污染
因為畜禽飼料中的植物磷不能被動物吸收排出體外，引起污染。養殖廠通常會采用微量元素添加劑，這些元素的吸收率和利用率都很低，一般都排出體外進入環境。
（4）殘留獸藥的污染
在畜禽養殖過程中，會加入一些抗菌素等藥物，這些藥物進入消化道后，會在動物血液進行短期循環，而大多數藥物會隨尿液排出體外，藥物進入環境后，從而直接破壞生態平衡并威脅人類的身體健康。
（5）微生物污染
畜禽體內的微生物主要通過消化道排出體外，通過養殖廠廢物的排放進入環境從而造成嚴重的微生物污染，如果不對這些糞便進行無害化處理，有害病菌一旦進入環境，不僅會威脅畜禽自身生存，還會嚴重危害人體健康。
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